V Kostnici však byla postavena ještě jedna hranice — ještě jeden svědek musel svou krví svědčit pro pravdu. Když se Jeroným loučil s Husem před jeho odjezdem na kostnický koncil, povzbuzoval ho ke statečnosti a pevnosti a slíbil, že mu přijde na pomoc, jestliže se dostane do nebezpečí. Když se pak dozvěděl o Husově uvěznění, snažil se ihned splnit svůj slib. Bez ochranného listu a pouze s jedním průvodcem se vypravil do Kostnice. Tam ale zjistil, že se sám vystavuje nebezpečí, aniž by mohl něco podniknout pro Husovo vysvobození. Pokusil se proto utéct z města, to se mu ale nepodařilo — byl zajat a v doprovodu vojenského oddílu dopraven zpět. Když se pak objevil poprvé před koncilem a pokusil se reagovat na vznesenou obžalobu, uvítaly ho výkřiky: “Do ohně s ním! Do ohně!” (Bonnechose, sv. 1, str. 234) Uvěznili ho a spoutali řetězy v poloze, která mu působila velké bolesti; k jídlu dostával jen chléb a vodu. Po několika měsících krutého věznění Jeroným onemocněl a jeho život visel na vlásku. Proto jeho nepřátelé — z obavy, že by mohl zemřít — zmírnili tvrdost svého počínání, třebaže ho ve vězení drželi ještě celý další rok. VDV 77.3
Husova smrt nepřinesla takové výsledky, jaké stoupenci papežství očekávali. Porušení ochrany, kterou Husovi zaručoval doprovodný list, vyvolalo bouři rozhořčení, a proto sněm rozhodl vyčkat prozatím s upálením na hranici s tím, že se pokusí vynutit na Jeronýmovi “odvolání”. Jeroným byl předveden před koncil, který mu dal na vybranou: buď odvolá, nebo ho čeká smrt na hranici. Na počátku jeho věznění by smrt byla jenom jako “pohlazení” v porovnání se strašným utrpením, které musel podstoupit. Nyní byl ale zesláblý a vyčerpaný nemocemi a dlouhým žalářováním; v úzkostech a nejistotě — v odloučení od přátel a v zármutku nad Husovou smrtí — se jeho mravní síla zcela vyčerpala a Jeroným se podrobil koncilu. Zavázal se, že bude vyznávat katolickou víru a přijal rozhodnutí koncilu odsuzující Viklefovo a Husovo učení s výjimkou “svatých pravd”, které učili (Bonnechose, sv. 2, str. 141). VDV 77.4
Touto výjimkou se Jeroným pokoušel uchlácholit hlas svědomí a uniknout tvrdému údělu. V samotě vězení však pochopil zřetelněji, na co vlastně přistoupil. Přemýšlel o Husově odvaze a věrnosti a přitom si uvědomil, jak on sám pravdu zapřel. Myslel na nebeského Mistra, kterému se zavázal sloužit a který pro něho zemřel na kříži. Ještě před “odvoláním” nacházel v utrpení útěchu — měl jistotu, že je mu Bůh nakloněn. Teď ho ale trápily výčitky a pochybnosti. Uvědomoval si, že bude muset ještě znovu “odvolat”, než bude moci dosáhnout smíru s Římem. Cesta, po níž se vydal, mohla skončit jen úplným odpadnutím. Proto se rozhodl: Nezapře svého Pána, aby tím unikl krátkému utrpení. VDV 78.1
Zanedlouho byl znovu předveden před koncil. Jeho odvolání soudce neuspokojilo. Ve své krvežíznivosti, již ještě více podráždila Husova prolitá krev, toužili po dalších obětech. Jeroným mohl svůj život zachránit jedině tím, že se pravdy vzdá bez jakýchkoli výhrad. Rozhodl se však, že vyzná svou víru a bude následovat svého bratra spolumučedníka do plamenů hranice. VDV 78.2
Vzal zpět své dřívější odvolání a jako člověk odsouzený k smrti žádal o možnost obhajoby. Preláti se obávali jeho slov, a proto trvali na tom, aby buď jen potvrdil, nebo popřel pravdivost obvinění, která proti němu byla vznesena. To se Jeronýmovi zdálo příliš kruté a nespravedlivé: “Držíte mě zavřeného tři sta čtyřicet dní v té odporně špinavé, smrduté kobce, kde se mi nedostává téměř ničeho; a teď mě přivádíte sem a odmítáte mě vyslechnout, a přitom dopřáváte sluchu mým úhlavním nepřátelům… Jestli jste opravdu moudří a jste-li světlem světa, pak dbejte na to, abyste nehřešili proti spravedlnosti. Pokud jde o mne, jsem jen slabý smrtelník; můj život má jen nepatrný význam. A napomínám-li vás, abyste nevynášeli nespravedlivý rozsudek, říkám to spíše ve vašem zájmu než ve svém.” (Bonnechose, sv. 2, str. 146.147) VDV 78.3