På ny ble Berquin fengslet. Kongen forlot Paris, og munkene fikk dermed fritt spill. Reformatoren ble stilt for retten og dømt til døden. For å hindre at kongen igjen grep inn og reddet ham, ble dommen fullbyrdet samme dag. Ved middagstider ble Berquin ført til retterstedet. En veldig menneskemengde var møtt frem for å overvære begivenheten. Mange var forbauset og skuffet over at offeret kom fra en av landets beste og tapreste adelsslekter. Forundring og harme, forakt og bittert hat stod preget i ansiktene til denne urolige menneskemengden. Men på ett ansikt var det ingen skygge. Martyrens tanker var fjernt fra opprørsscenen omkring ham. Det eneste som opptok ham, var vissheten om at han var i Herrens hender. MHK 170.5
Han enste ikke den ufyselige gjødselkjerren han ble kjørt i, de truende blikk fra forfølgerne, den fryktelige død som ventet ham. Han som var død, men som lever i all evighet, og som har nøklene til døden og dødsriket, var med ham. Ansiktet strålte av himmelsk lys og fred. Han hadde tatt på seg herskapsklær som bestod av en fløyelskappe, en vest av atlask og damask, og gullinnvevde benklær. Snart skulle han vitne om sin tro for kongenes konge og for hele universet, og ikke noe tegn på sorg skulle skjule den gleden han følte.11D ’Aubigne, History o f the Reformation in Europe in the time of Calvin 2, kap. 16 MHK 171.1
Mens følget langsomt beveget seg gjennom de tettpakkede gatene, undret folk seg over den uforstyrrede fred og seierssikre glede som preget ansiktet hans. “Det er som om han sitter i en kirke og tenker på hellige ting,” sa folk.12Wylie 13, kap. 9 MHK 171.2
På retterstedet prøvde Berquin å si noen ord til folket. Men munkene som var redde for konsekvensene, begynte å rope, og soldatene slo på våpnene så larmen overdøvet røsten hans. De høyeste myndigheter for kirke og kultur i Paris i 1529 satte på den måten et slett eksempel for byens befolkning i 1793 ved å undertrykke den døendes siste ord på skafottet.13Samme MHK 171.3
Berquin ble kvalt og kroppen fortært av flammene. Nyheten om reformatorens død vakte sorg blant vennene hans i hele Frankrike. Men hans eksempel var ikke forgjeves. “Også vi er parat til å gå i døden med glede, for vi ser frem til det evige liv,” lød det fra andre sannhetsvitner.14D’Aubigne 2, kap. 16 MHK 171.4