Da han kom til Konstanz, fikk han bevege seg fritt omkring. Til keiserens leidebrev føyde paven en personlig garanti om beskyttelse. Men på tross av disse høytidelige og gjentatte erklæringer ble Hus kort etter arrestert etter ordre fra paven og kardinalene og satt i et ufyselig fengsel. Senere ble han overført til en borg på den andre siden av Rhinen og holdt som fange der. Paven fikk lite gagn av sin troløshet, for ikke lenge etter ble han selv satt i det samme fengsel.10Samme, s. 47 MHK 80.3
På kirkemøtet ble paven kjent skyldig i de groveste forbrytelser, ikke bare mord, simoni og hor, men også “synder som det ikke sømmer seg å nevne”. Dette var kirkemøtets egen dom, og det endte med at han ble fratatt pavekronen og satt i fengsel. Motpavene ble også avsatt, og en ny pave ble valgt. MHK 80.4
Enda selveste paven hadde gjort seg skyldig i større forbrytelser enn Hus noen gang hadde anklaget prestene for, og som var årsak til hans krav om reform, gikk det samme kirkemøtet som hadde avsatt paven, til verks for å knekke Hus. Fengslingen av ham vakte stor forargelse i Bøhmen. Innflytelsesrike adelsmenn protesterte kraftig mot dette overgrep. Keiseren, som nødig ville gå med på leidebrudd, tok avstand fra prosessen mot Hus. Men reformatorens fiender var både ondsinnede og besluttsomme. De appellerte til keiserens frykt og fordommer og hans iver for kirken, og de kom med langtekkelige argumenter for å bevise at “man ikke bør holde løfter til kjettere eller til personer som er mistenkt for kjetteri, selv om de har leidebrev fra keiser og konger”.11J. Lenfant, History o f the Council of Constance 1, s. 516 På den måten fikk de sin vilje. MHK 80.5
Da Hus ble stilt frem for kirkemøtet, var han svekket av sykdom og av fengselsoppholdet. Den fuktige, dårlige luften i cellen hadde påført ham feber som nesten kostet ham livet. Lenkebundet stod han foran keiseren som med sitt æresord hadde garantert hans sikkerhet. Under de langtekkelige forhandlinger holdt han urokkelig fast på sannheten, og med de kirkelige og statlige myndigheter som tilhørere kom han med en kraftig protest mot korrupsjonen blant geistligheten. Da han fikk valget mellom å tilbakekalle eller dø, valgte han martyrdøden. MHK 81.1
Gud holdt ham oppe. I de pinefulle ukene før den endelige dommen, var han preget av himmelsk fred. “Dette brevet skriver jeg i fengslet med lenket hånd, mens jeg venter at dødsdommen vil falle i morgen,” skrev han til en venn. “Når vi med Jesu Kristi hjelp skal møtes igjen i det fremtidige liv med dets herlige fred, skal du få vite hvor barmhjertig Gud har vært mot meg, og hvordan han har hjulpet meg i fristelser og prøver.”12Bonnechose 2, s. 67 MHK 81.2
Fra den mørke fengselscellen forutså Hus hvordan den sanne tro til sist skulle seire. I en drøm så han kirken i Praha der han hadde forkynt evangeliet, og paven og biskopene som holdt på å stryke over de bildene av Kristus som han hadde malt på veggen. Dette pinte ham. Men neste dag så han at mange malere var travelt opptatt med å restaurere dem i enda klarere farger. Så snart arbeidet var ferdig, sa malerne til den veldige folkemengden som stod rundt dem: “Nå kan paven og biskopene komme. De vil aldri mer kunne ødelegge dem.” MHK 81.3
Da Hus fortalte drømmen, sa han: “Jeg er sikker på at Kristi bilde aldri skal bli slettet. De har villet ødelegge det, men predikanter som er langt bedre enn jeg, vil male det på ny i alles hjerter.”13D’Aubigne 1, kap. 6 MHK 81.4
For siste gang ble Hus nå innkalt til kirkemøtet. Det var en stor og imponerende forsamling. Her var keiseren, fyrstene, offisielle sendemenn, kardinaler, biskoper og prester, og en veldig folkemengde som gjerne ville overvære dagens store begivenhet. Fra alle deler av kristenheten var det kommet folk for å være vitne til dette første offer i den lange kampen som skulle føre til trosfrihet. MHK 81.5
Da Hus ble oppfordret til å gi sitt endelige svar, gjentok han at han ikke kunne tilbakekalle. Idet han så skarpt på keiseren som på så skammelig vis hadde brutt sitt løfte, sa han: “Av egen fri vilje bestemte jeg meg for å møte for dette konsil, med løfte om offentlig beskyttelse og fritt leide fra keiseren som er til stede her.”14Bonnechose 2, s. 84 Sigismund rødmet da alle i forsamlingen så på ham. MHK 81.6