Павлов рад по црквама, после ослобађајуће пресуде римског суда, није могао да промакне пажњи његових непријатеља. Хришћани су, од почетка прогонства под Нероном у свим крајевима постали забрањена секта. После неког времена, неверни Јевреји почели су се бавити мишљу да Павлу припишу кривицу да је запалио Рим. Ниједан од њих ни једног тренутка није ни помислио да би он могао да буде крив за тај злочин; али су знали да би таква оптужба, када би била подупрта чак и најнепоузданијим доказима, могла запечатити његову судбину. Захваљујући њиховим напорима, Павле је поново био затворен и одведен у своје последње заточеништво. AASer 349.1
Павла је у току другог путовања у Рим, пратило неколико његових ранијих сапутника; други су искрено желели да поделе његову судбину, али је он одбио да им дозволи да на такав начин угрозе свој живот. Изгледи које је имао били су много неповољнији него приликом ранијег заточеништва. Прогонство под Нероном веома је проредило број верника у Риму. Хиљаде хришћана мученички су положили живот за своју (489) веру, многи су напустили град, а они који су остали били су врло потиштени и застрашени. AASer 349.2
Када је стигао у Рим, Павле је био бачен у влажну тамницу у којој ће остати све до краја свога пута. Оптужен да је учинио један од најподлијих и најстрашнијих злочина против града и народа, постао је предмет свеопштег презира. AASer 349.3
Оно неколико пријатеља који су делили његове терете, сада су почели да га напуштају, једни су га изневерили, а други кренули да обаве мисије у разним црквама. Фигел и Хермоген су први отишли. А онда и Димас, узнемирен због све тамнијих облака тешкоћа и опасности, напустио је прогоњеног апостола. Крискента је сам апостол послао да посети цркве у Галатији, Тита је упутио у Далмацију, Тихика у Ефес. Пишући Тимотију о свом искуству, Павле каже: »Лука је сам код мене!” (2. Тимотију 4,10) Никада апостолу помоћ његове браће, није била тако неопходна као сада, када је ослабљен старошћу, напорима и болестима, лежао затворен у влажној, мрачној ћелији римског затвора. Услуге Луке, омиљеног ученика и верног пријатеља, представљале су велику утеху Павлу и оспособиле га да одржава везу са својом браћом и светом уопште. AASer 350.1
Павлово срце у овим тешким данима, радовало се честим посетама верника Онисифора. Тај љубазни брат из Ефеса чинио је све што је било у његовој моћи да Павлу олакша терет заточеништва. Његов омиљени учитељ био је у оковима због истине, док је он лично био слободан, па зато није штедео труд да Павлове прилике учини што подношљивијим. (490) AASer 350.2
У последњем писму које је написао, Павле овако говори о том верном ученику: »А Господ да да милост Онисифорову дому, јер ме много пута утеши и окова мојих не постиде се, него дошавши у Рим, потражи ме још с већим старањем и нађе. Да да њему Господ да нађе милост од Господа у дан онај.” (2. Тимотију 1,16-18) AASer 350.3
Сам Бог је у човеково срце усадио жељу за љубављу и саучешћем. Христос је, у тренуцима своје предсмртне борбе у Гетсиманији, чезнуо је за саосећањем својих ученика. И Павле, иако наизглед равнодушан према тешкоћама и патњама, тежио је за саучешћем и пријатељством. Онисифорове посете, које су сведочиле о његовој верности у време Павлове усамљености и запостављености, донеле су радост и ведрину ономе који је свој живот провео служећи ближњима. (491) AASer 350.4