Ještě předtím, než plakáty proti mši vyvolaly pronásledování, musel odvážný Farel uprchnout ze své rodné země. Odešel do Švýcarska, kde podpořil Zwingliho v jeho práci a pomohl reformaci k tomu, aby si získala oblibu. Přestože další léta strávil ve Švýcarsku, i nadále rozhodujícím způsobem ovlivňoval reformační hnutí ve Francii. V prvních letech vyhnanství usiloval o šíření evangelia ve své rodné zemi — často kázal svým krajanům žijícím blízko hranic, neúnavně sledoval dění ve Francii, radil a povzbuzoval. Spolu s dalšími exulanty přeložil spisy německých reformátorů do francouzštiny a nechal je vytisknout ve velkých nákladech podobně jako francouzský překlad Bible. Kolportéři roznesli tyto knihy po celé Francii. Jelikož je dostali za velmi nízké ceny, zisk z prodeje jim umožňoval pokračovat v práci. VDV 154.2
Své působení ve Švýcarsku zahájil Farel skromně: v odlehlé farnosti působil jako učitel. Učil děti obvyklým předmětům, přitom je však opatrně seznamoval i s pravdami Bible a doufal, že prostřednictvím dětí naváže styk s rodiči. Někteří uvěřili, ale kněží okamžitě zasáhli, aby Farelovo úsilí zmařili. Zburcovali pověrčivý venkovský lid, aby se postavil proti Farelovi. Tvrdili, že “to nemůže být Kristovo evangelium, protože jeho hlásání nepřináší pokoj, ale válku.” (Wylie, sv. 14, kap. 3) Podobně jako první učedníci, když byli pronásledováni v jednom městě, odešel i Farel do jiného města. Chodil pěšky od vesnice k vesnici, od města k městu, snášel hlad, zimu a únavu, neustále byl v ohrožení života. Kázal na tržištích, v kostelích, někdy i z kazatelen chrámů. Někdy našel kostel prázdný, bez posluchačů, někdy bylo jeho kázání přerušováno výkřiky a posměšky. Někdy byl dokonce násilím odveden z kazatelny. Nejednou ho přepadla lůza a zbila ho téměř k smrti. Ve svém úsilí však nepolevil — i přes nepřízeň a odmítání se vždy dokázal vzchopit a dál pokračoval v šíření evangelia. Postupně byl také svědkem toho, jak města a městečka, která byla dříve baštou papežství, jedno po druhém otevírají své brány evangeliu. Malá farnost, kde zahájil své působení, přijala brzy reformovanou víru; také města Murten a Neuchâtel se zřekla římských obřadů a odstranila ze svých kostelů modloslužebné sochy a obrazy. VDV 154.3