Farel dlouho toužil po tom, aby se evangelium rozšířilo i v Ženevě, která by se pak mohla stát střediskem reformace pro Francii, Švýcarsko a Itálii. Nejprve se mu podařilo získat mnoho okolních měst a vesnic a pak se spolu s jedním spolupracovníkem vydal do Ženevy. Zde mu však dovolili přednést pouze dvě kázání. Kněží, kteří marně usilovali o to, aby byl odsouzen státními úřady, ho pozvali před církevní radu, na kterou si přinesli zbraně ukryté pod kabáty. Byli odhodláni připravit ho o život. Před vchodem do síně se shromáždil rozvášněný dav s klacky a meči, který byl připraven Farela zabít, kdyby se mu podařilo uniknout z rady. Zachránila ho přítomnost státních úředníků a vojáků. Druhého dne časně ráno ho spolu s jeho společníkem převezli na druhou stranu jezera na bezpečné místo. Tak skončil jeho první pokus evangelizovat Ženevu. VDV 155.1
Dalším, kdo se pokoušel o šíření protestantismu v Ženevě, byl mladý muž jménem Froment. Byl velice skromný a nenápadný, a to do té míry, že i přátelé reformace s ním jednali chladně. Jak tenhle nezkušený mladík může zvládnout nástrahy, před kterými musel utéct i silný a odvážný Farel? “Ne mocí ani silou, nýbrž mým duchem, praví Hospodin.” Zacharjáš 4,6. “Co je slabé, vyvolil Bůh, aby zahanbil silné.” “Neboť bláznovství Boží je moudřejší než lidé a slabost Boží je silnější než lidé.” 1. Korintským 1,27.25. VDV 155.2
Froment začal pracovat jako učitel. Pravdy, se kterými seznamoval své žáky ve škole, opakovaly pak děti doma. Netrvalo dlouho a do školy začali přicházet i rodiče, kteří si chtěli poslechnout výklad Bible. Školní třídu tak zakrátko zaplnili pozorní posluchači. Froment také zdarma rozdával výtisky Nového zákona i různé traktáty. Mnohé tiskoviny se pak dostaly i k dalším zájemcům, kteří neměli odvahu přijít si poslechnout nové učení osobně. Po čase musel utéct i Froment, pravdy, kterým učil, však přesto stačily v myslích lidí zakořenit. Tak se reformace šířila i nadále. Po čase se kazatelé vrátili a nakonec v Ženevě zavedli protestantské bohoslužby. VDV 155.3
Když do bran Ženevy po dlouhém putování a mnoha útrapách vstoupil Kalvín, město se už přihlásilo k reformaci. Vracel se právě z poslední návštěvy svého rodiště do Basileje; když ale zjistil, že přímá cesta je obsazena vojsky Karla V., byl nucen jít oklikou přes Ženevu. VDV 155.4
Farel v této návštěvě rozpoznal Boží vůli. Ženeva sice přijala reformaci, ale bylo třeba vykonat ještě mnoho práce. Lidé se k Bohu obracejí jako jednotlivci, nikoli jako skupiny. Proces obnovy může uskutečnit v srdcích a svědomí lidí Duch svatý, nikoli úřední rozhodnutí. Obyvatelé Ženevy sice odmítli nadvládu Říma, nebyli však už tak ochotni vzdát se nepravostí, které kvetly za jeho vlády. Zavést skutečné zásady evangelia a připravit lidi, aby plnili poslání, ke kterému je povolala prozřetelnost, to nebyl snadný úkol. VDV 155.5
Farel si byl jistý, že v Kalvínovi našel člověka, se kterým může spolupracovat při realizaci tohoto úkolu. Vyzval proto mladého evangelistu, aby v Ženevě zůstal a pracoval. To Kalvína vyděsilo — byl ostýchavý a miloval klid; a taky se bál prudkých a nezávislých Ženevanů. Měl křehké zdraví a rád se věnoval studiu, proto vyhledával spíše samotu. Věřil, že reformaci nejlépe poslouží svým perem, a proto toužil po tichém místě, odkud by prostřednictvím tisku mohl učit a budovat sbory. Farelovu slavnostní výzvu však považoval za Boží povolání, proto se neodvážil odmítnout. Jak sám prohlásil, měl pocit, “jako by se z nebe vztáhla Boží ruka, aby ho uchopila a postavila neodvolatelně na místo, odkud chtěl odejít” (D'Aubigné, Dějiny reformace v Evropě v době Kalvínově, sv. 9, kap. 17). VDV 157.1
V té době se reformace dostala do ohrožení. Papež hřímal proti Ženevě klatbami a velké národy vyhrožovaly, že ji zničí. Jak mohlo malé město odolat náporu síly, která si už podrobila nejednoho z králů a císařů? Jak se mohlo bránit proti armádě mocných dobyvatelů? VDV 157.2