Lenge før forfølgelsene satte inn, var den modige og ivrige Farel blitt tvunget til å forlate fedrelandet. Han drog til Sveits der han førte Zwinglis arbeid videre og bidrog til å påvirke opinionen i reformatorisk lei. Her var han resten av livet, men fortsatte å øve betydelig innflytelse også på reformasjonen i Frankrike. MHK 180.3
De første årene i landflyktighet arbeidet han særlig for å utbre evangeliet i sitt fedreland. Han brukte mye tid på å forkynne blant sine landsmenn i grensetraktene, der han med våken oppmerksomhet fulgte stridens gang og bidrog med oppmuntring og gode råd. Andre av de landsforviste hjalp ham med å oversette de tyske reformatorenes skrifter til fransk. Sammen med den franske Bibelen ble disse skriftene trykt i store opplag. Ved hjelp av bokselgere ble de spredt overalt i Frankrike. Bokselgerne fikk dem ganske rimelig, og fortjenesten gjorde det mulig for dem å kunne fortsette arbeidet. MHK 180.4
Farel begynte sin tjeneste i Sveits som fattig skolelærer. Han drog til et avsidesliggende sogn og underviste barna. Foruten å undervise i vanlige skolefag, brakte han på en forsiktig måte inn bibelske emner, og håpet at han på den måten også kunne nå foreldrene. Noen av dem trodde, men prestene grep inn og stanset arbeidet, og de påvirket de overtroiske bøndene til å motarbeide ham. “Dette kan ikke være Kristi evangelium, ettersom forkynnelsen ikke bringer fred, men krig,” hevdet prestene.30Wylie 14, kap. 3 MHK 180.5
Når Farel ble forfulgt i en by, flyttet han til en annen, slik de første disiplene gjorde. Han drog til fots fra by til by og fra landsby til landsby. Han sultet og frøs og var utmattet og hele tiden i livsfare. Han forkynte på torgene, i kirkene og til tider endog i katedralene. Noen ganger fant han kirken tom. Til tider ble prekenen avbrutt av skrål og hånsord. Flere ganger ble han med makt slept ned fra prekestolen. Mer enn en gang gikk pøbelen løs på ham og slo ham nesten i hjel. Men han gav ikke opp. MHK 181.1
Enda han ofte ble drevet tilbake, gikk han på igjen med fornyet styrke. Han opplevde at byer og landsbyer der katolisismen hadde stått særlig sterkt, åpnet portene for evangeliet. Det lille sognet der han først hadde arbeidet, tok imot den reformerte tro. Også i byene Morat og Neuchâtel avskaffet man de katolske seremonier og fjernet avgudsbildene fra kirkene. MHK 181.2
Lenge hadde Farel ønsket å plante protestantismens fane i Genève. Om han vant denne byen, ville den bli midtpunktet for reformasjonen i Frankrike, Sveits og Italia. Med dette i tanke fortsatte han arbeidet og vant etter hvert mange av byene og landsbyene i nærheten. Sammen med en venn drog han deretter til Genève, men han fikk bare holde to prekener der. Forgjeves hadde prestene forsøkt å få myndighetene til å forvise ham. Nå stevnet de ham for et geistlig råd, dit de kom med våpen under prestekjolen, fast bestemt på å ta ham av dage. Utenfor hadde det samlet seg en rasende folkemengde med køller og sverd, parat til å gripe ham om han skulle prøve å flykte. Men han ble reddet fordi øvrighetspersoner og væpnet politi var til stede. Tidlig neste morgen ble han og vennen hans ført over sjøen til et trygt sted. Slik endte hans første forsøk på å forkynne evangeliet i Genève. MHK 181.3
Den neste som skulle prøve seg, var Antonie Froment, en stillfarende ung mann som virket så tilbakeholden at endog reformasjonens venner behandlet ham på en noe kjølig måte. Hva kunne en slik forsagt person utrette der Farel var blitt avvist? Hvordan kunne en mann som manglet både mot og erfaring, stå imot stormen som den sterkeste og modigste hadde måttet vike unna for? “Ikke ved makt og ikke ved kraft, men ved min Ånd, sier Herren, Allhærs Gud.” “Men det som går for å være uforstandig i verden, utvalgte Gud seg for å gjøre de vise til skamme.” “For Guds uforstand er forstandigere enn menneskers visdom, og Guds svakhet er sterkere enn menneskers styrke.”31Sak 4,6; 1 Kor 1,27.25 MHK 181.4
Han begynte som skolelærer. Det han lærte barna, tok de med seg hjem, og så kom foreldrene for å høre mer. Snart var skolestua full av oppmerksomme tilhørere. Mange nytestamenter og traktater ble delt ut, og de ble lest av mange som ikke turde komme åpenlyst for å lytte til forkynnelsen av den nye læren. Etter en tid ble også denne reformatoren tvunget på flukt, men det han hadde forkynt, fant grobunn. Reformasjonen hadde fått innpass, og den fortsatte å øke i styrke og omfang. De protestantiske forkynnerne kom tilbake og gjenopptok sin virksomhet, og dette resulterte i at Genève ble protestantisk. MHK 181.5