Byen hadde allerede tatt parti for reformasjonen da Calvin etter lange reiser og mange omskiftelser drog inn gjennom byporten. Han kom tilbake fra et besøk i sin fødeby og var på vei til Basel da han fant at veien var sperret av Karl 5. stropper, så han var nødt til å ta omveien gjennom Genève. MHK 182.1
Farel så Guds ledelse i dette. Selv om innbyggerne i Genève hadde bekjent seg til den reformerte tro, var det ennå meget å gjøre der. Det er ikke som menigheter, men som enkeltpersoner at mennesker vender om. Gjenfødelsen må foregå i hjertet ved Den Hellige Ånds kraft, ikke ved konsilvedtak. MHK 182.2
Innbyggerne i Genève hadde nok gjort seg fri fra romerkirkens myndighet, men de var ikke like villige til å utrydde de laster som hadde florert under dens regime. Derfor var det ingen lett oppgave å innføre evangeliets rene prinsipper eller forberede folk til å kunne fylle den plassen som Gud åpenbart hadde kalt dem til. MHK 182.3
Farel var sikker på at han i Calvin hadde funnet en mann han kunne samarbeide med i denne oppgaven. I Guds navn bad han den unge evangelisten om å bli der og arbeide. Calvin ble forskrekket. Som den beskjedne fredens mann han var, vek han tilbake for den djerve, egenrådige mentaliteten i Genève. Hans dårlige helse og ønsket om å bruke tiden til forskning, gjorde at han foretrakk å leve mer ubemerket. Han mente at han kunne tjene reformasjonens sak best med pennen, og ønsket derfor å finne et fredelig sted der han kunne studere og bygge opp menigheten gjennom det trykte ord. Men han oppfattet Farels alvorlige henstilling som et kall fra himmelen, og turde ikke avslå. Han sa at det var som om Gud hadde rakt sin hånd fra himmelen, og at den grep ham og satte ham definitivt på den plassen han var så ivrig etter å slippe unna.32D’Aubigne 9, kap. 17 MHK 182.4